Das Museum der flämischen Minderbrüder ist nicht ohne weiteres ein Museum für religiöse Kunst. Es hat zwischen der flämischen Museen einen ganz eigenen Stellenwert. Das Museum verwaltet das religiöse Erbe des Minderbrüderordens; die schon in der Kollektion des Museums aufgenommenen Gegenstände, aber auch das noch in den über ganz Flandern verteilten Klöstern vorhandene Patrimonium.
Am 31.Mai 1999 bekam das Museum durch den flämischen Kulturminister die Anerkennung als Museum und wurde es auf regionaler Ebene eingeteilt.